Hizo su debut en la temporada 2015-16 en la Supercopa de Alemania el 1 de agosto en una derrota en la tanda de penaltis ante el VfL Wolfsburgo. Tras ello Alaba se perdió el resto de la temporada con el Bayern debido a la lesión. El 31 de marzo sufrió una lesión en el ligamento medial de la rodilla izquierda durante el empate 1-1 en un partido amistoso de Austria contra Bosnia y Herzegovina.
