En 2003 se producen dos acontecimientos importantes para el desarrollo del club. Se incorporó al club Rafael González Mejías como nuevo director deportivo. Esta pérdida de categoría, supuso el descenso de la plantilla más cara en las 18 temporadas del fútbol cartagenero en la Segunda División de España (15 con el Cartagena FC y las 3 del FC Cartagena). El 6 de noviembre de 2010 se estrena el nuevo himno del Girona FC, compuesto por Josep Thió, ex componente de Sopa de Cabra e interpretado por «The Gruixut’s».
