Colo-Colo llegó a la final de la Copa Sudamericana, en la que serían derrotados por el Pachuca y ganó el Torneo Clausura 2006. En octubre se confirmó el traspaso de Matías al fútbol español, al Villarreal CF por una cifra cercana a los € 6.090.000. Fernández totalizó en el torneo local 15 goles, segunda equipacion barcelona y 9 en la Copa Sudamericana. Una semana después, la ACB oficializó la incorporación de Epi a su personal directivo para asumir tareas de relaciones públicas y asesoría del presidente, Eduardo Portela.
