Entre 1998 y 2001 participó en todas las ediciones de la Copa Mercosur, torneo oficial que reemplazó a la Supercopa, apenas llegando a cuartos de final en la mejor de las participaciones. Independiente le ganó los dos partidos al Maipú Banfield, al que ya tenía «de hijo» (2-0 y 4-0); a Remember también le ganó los dos encuentros; con Primero de Mayo, ganó uno y empató el otro; con Sports Argentino perdió uno y empató la revancha; y perdió ambos juegos (1-3 y 0-4) con el representativo de La Prensa, equipacion manchester united el campeón del torneo.
